Ici commence le périple jusqu'à Athéna Le chemin des douze maisons du zodiaque commence par celle du Bélier, puis suit l'ordre astrologique jusqu'à la dernière, celle des Poissons, chaque maison étant gardée par le Gold Saint du signe correspondant. Lors de la bataille du Sanctuaire, au 20ème siècle, les Bronze Saints n'ont pas d'autre choix que de toutes les traverser en moins de 12 heures. Une autre bataille y eut lieu au début de la Guerre Sainte du 20ème siècle contre Hadès. L'intérieur des maisons est en général assez vide et comporte des colonnes un peu partout. Habituellement, les Gold Saints peuvent se déplacer en traversant les maisons gardées par leurs pairs, mais il est de coutume de demander son autorisation au gardien d'une maison que l'on traverse, par simple politesse. On peut voir ceci dans le cas de Milo qui passe par la maison de la Vierge dans Saint Seiya G, et pour Dōko qui traverse celle du Taureau dans Saint Seiya ~ The Lost Canvas. En cas d'attaque du Sanctuaire en revanche, nul Gold Saint n'est supposé quitter son poste (bien que Camus le fasse en se rendant dans la maison de la Balance lors de la bataille contre les Bronze Saints), et Milo se fait réprimander quand il quitte la maison du Scorpion pour rejoindre Mū et Aiolia pendant l'attaque des Spectres.

Le grand Pope est désormais Dohko, ex chevalier d'or de la balance. Le Palais du Pope est le lieu où celui-ci se tient sur son trône pour donner audience aux Saints ou messagers venus au Sanctuaire. Ce palais, bien plus vaste que les Maisons du Zodiaque, est également utilisé par Athéna pour rencontrer ses Saints et donner des ordres, peu de gens étant supposés pouvoir se rendre à l'autel d'Athéna. Au 20ème siècle, Aiolia s'y bat contre Shaka avant d'être frappé par le Genrō Maō Ken de Saga, puis c'est là qu'à lieu le combat final de la bataille du Sanctuaire opposant l'imposteur Saga à Ikki et Seiya. Lors de la partie Hadès, Milo y offre la rédemption à Kanon au travers de la Scarlet Needle. Dans Saint Seiya ~ The Lost Canvas, au 18ème siècle, Dōko y affronte Gordon du Minotaure et Queen de l'Alraune, venus essayer de détruire la Cloth d'Athéna. Au 16ème siècle (OAVs), c'est devant ce palais que Sage du Cancer et Hakurei de l'Autel, accompagnés de plusieurs autres Saints, mènent le combat final contre le Hadès de l'époque.

Le lieu ultime du Sanctuaire C'est en ce lieu, point le plus élevé du Sanctuaire (à l'exception de Star Hill), que vit normalement Athéna et que se trouve son immense statue. La plupart de l'autel est à l'air libre. Au 20ème siècle, la bataille du Sanctuaire se conclut en ce lieu lorsque Seiya brandit le bouclier d'Athéna, qui sauve la vie de Saori tout en détruisant le côté maléfique de Saga (dans l'anime, Saga y affronte tous les Bronze Saints), avant que ce dernier ne se suicide. Lors de la Guerre Sainte du 20ème siècle contre Hadès, Athéna, qui observait l'avancée des Spectres et renégats depuis cet endroit, finit par ordonner d'y faire venir Saga, Shura et Camus et se suicide devant eux. Dans Saint Seiya ~ The Lost Canvas, au 18ème siècle, Alone vient directement s'y battre contre Sasha et Tenma, jusqu'à ce qu'il ne soit téléporté vers la Terre Scellée et finisse par s'en retourner vers sa Cathédrale. Plus tard, Dōko, venu chercher la Cloth d'Athéna, y combat Sylphide du Basilic, puis Kagaho du Bénou. Cette immense statue est le symbole du Sanctuaire, clairement visible depuis des endroits distants. Elle tenait à une époque une représentation de la déesse Niké dans sa main droite, mais celle-ci a finalement pris la forme plus pratique de sceptre d'Or d'Athéna. Dans sa main gauche se trouve le bouclier de la justice. Le plus grand secret de cette statue est qu'il s'agit en fait de la Cloth d'Athéna, dont la véritable forme ne se révèle que lorsque le sang de la déesse est versé dessus, provoquant ainsi un rétrécissement de la statue.

L'entrainement a son importance! Ce colisée est un lieu d'entraînement et de duels utilisé par les combattants du Sanctuaire. C'est ici que Seiya et Tenma (Saint Seiya ~ The Lost Canvas) mènent le combat final qui leur permet de remporter la Cloth de Pégase. Dans les OAV Hadès, Seiya y est téléporté par Mū et sera rejoint par Shiryū. Dans Saint Seiya G, on peut aussi voir que des gens s'y entraînent régulièrement. Dans l'anime, Shaina y donne un combat en place publique destiné à humilier Marin.

D'anciennes géôles inconfortables Cette prison située dans un endroit reculé du Sanctuaire est utilisée par Manigoldo afin d'emprisonner Tenma. Le fait que ce dernier s'étonne de la solidité des barreaux laisse supposer que ceux-ci sont d'une résistance anormale, capable de supporter les pouvoirs d'un Saint. Cependant, Yato et Yuzuriha réussissent à s'infiltrer dans la cellule via un passage dans le sol, ce qui discrédite la sûreté de cette prison.

Lieu de pèlerinage et de souvenirs douloureux Ce cimetière est le lieu où reposent les Saints décédés lors d'une Guerre Sainte ou au Sanctuaire. Dans Saint Seiya ~ The Lost Canvas au 18ème siècle, Rasgado du Taureau est enterré en ce lieu (et peut-être aussi les autres Saints décédés, bien que l'on ne voie pas leurs tombes). Juste avant la bataille finale, Shion y répare les Cloths endommagées au cours de la Guerre Sainte. 6 ans après la guerre sainte, Selinsa, Teneo du Taureau et Agasha viennent s'y recueillir. Les tombes de Lugonis des Poissons, d'Albafica des Poissons, de Rasgado du Taureau, et de Saro y sont visibles.

Lieu du Pope Star Hill est un pic rocheux très élevé situé dans le Sanctuaire, qui est considéré comme l'endroit le plus proche du ciel. C'est là que se rend en principe le Pope pour observer les mouvements des étoiles à partir desquels il établit des prophéties. Seuls les Popes sont censés avoir le droit d'y aller, et de toutes façons peu de gens possèdent les capacités nécessaires pour atteindre le sommet, Shion disant que normalement même un Gold Saint aurait de la peine à arriver au sommet . Marin parvient cependant à y grimper et y trouve le cadavre de Shion, mort depuis plus d'une dizaine d'années. Selon Next Dimension, il s'agit en effet du lieu sur Terre le plus proche de la Lune et c'est là que vont Athéna et Shun au 20ème siècle pour se téléporter vers l'Olympe. En tout logique, l'altitude de Star Hill doit donc dépasser celle de l'Everest, soit plus de 8844 mètres. Dans Saint Seiya G, Saga rencontre parfois Pontos et Cronos à Star Hill pour discuter de leurs complots. Dans Saint Seiya ~ The Lost Canvas, Aspros des Gémeaux s'introduit à Star Hill fin de dérober les diverses choses réservées aux Popes : prophéties et chroniques du Sanctuaire, fiole contenant le sang d'Athéna, et le secret du Genrō Maō Ken, technique interdite.